Os antecedentes embrionários do Instituto datam do período 1899-1900 na reforma da Secretaria da Agricultura, Viação e Obras Públicas, quando foram criados os serviços de estimativas de safras e de organização de estatísticas agrícolas. Em nova reestruturação da Secretaria, em 1907, foram criadas duas novas seções: a de Estatística e a de Estudos Econômicos.

       Essa estrutura, passando de tempos em tempos por alterações menores, perdurou durante muitos anos.

      Antecedente já mais próximo foi a criação da Seção de Economia Rural, no Instituto Agronômico (IAC), de Campinas, por ocasião da grande reorganização promovida em 1935 na ainda Secretaria de Agricultura, Indústria e Comércio. Apesar da reconhecida necessidade de se incluir análises econômicas em pesquisas agronômicas, mesmo com essa Seção tal fato não ocorreu devido à inexistência, nessa época, de especialistas em economia agrícola.

       O primeiro especialista a aperfeiçoar-se nesta área nos Estados Unidos foi Ruy Miller Paiva, por volta de 1939/40. Em função disso, pouco tempo depois, Ruy Miller Paiva já participava da Comissão de Estudos Rurais, passando a trabalhar com economia.

Com a profunda reforma pela qual passou a Secretaria no começo de 1942, foi criada a Comissão de Estudos de Economia Rural para tratar especificamente de assuntos econômicos, vinculada ao Departamento da Produção Vegetal (PDV), mas ainda pertencendo ao IAC.
Somente em fins de 1945 é que foi criada, no PDV, a Divisão da Economia Rural, a qual compreendia as subdivisões de Economia Rural e de Fiscalização e Classificação de Produtos Agrícolas. Nesse contexto, a Subdivisão de Economia Rural é que era tanto formal quanto realmente a sucessora da Comissão de Estudos de Economia Rural.

       Em decorrência de fatores políticos, importantes modificações ocorreram nos quadros dirigentes da Secretaria em fins de 1949. A essa altura, a quantidade de trabalhos da Subdivisão já era considerável e seu acervo de dados originais superava de longe o de qualquer outra Instituição congênere no país.

       Em 1958, o PDV passou por substancial reforma (Lei no 5.122, de 31/12/58) e, assim, a Subdivisão foi transformada em Divisão de Economia Rural. Em essência, a nova Divisão era a Subdivisão ampliada em seu quadro técnico e número de seções. Nessa nova fase, eram sete seções técnicas e uma administrativa, passando a se constituir em nova unidade orçamentária.

       Uma das modificações mais importantes introduzidas na estrutura administrativa da Secretaria da Agricultura deu-se em 1968, com a transformação da Divisão de Economia Rural no Instituto de Economia Agrícola (IEA), por meio do Decreto no 49.796 (de 11/06/68).

       A estrutura funcional e o conteúdo do decreto davam as grandes linhas da política agrícola, assim como o futuro rumo da Instituição. O IEA ficava subordinado diretamente ao secretário da Agricultura, no mesmo nível das coordenadorias da Pesquisa Agropecuária (CPA), de Pesquisa dos Recursos Naturais (CPRN) e de Assistência Técnica Integral (CATI).

       O IEA nasceu com quatro divisões técnicas (Política e Desenvolvimento Agrícola, Economia da Produção, Levantamentos e Análises Estatísticas e Comercialização), além da Divisão de Administração, compreendendo ao todo vinte e três seções (quatro pertencentes a esta última divisão). Subordinados à diretoria geral ficavam o Conselho Técnico, a Assessoria de Programação, a Assessoria Técnica e a Biblioteca. Posteriormente, foi criada junto à Diretoria Geral a Seção de Comunicação Técnico-Científica. Em março de 1978, o Decreto no 11.138 alterou a estrutura organizacional do IEA, criando a Divisão de Apoio à Pesquisa e o Serviço de Biblioteca e Documentação.

       Contribuiu para a consolidação do IEA o Decreto no 10.950 (de 13/12/1977), que deu início à implantação da carreira de Pesquisador Científico, criada pela Lei Complementar no 125.

       No início da década de 80, as mudanças políticas desembocaram na primeira eleição direta para o Governo do Estado em 1982. Nessa época, surgiu a Coordenadoria Sócio-Econômica (CSE), que passou a compreender o IEA, antes subordinado diretamente ao Gabinete do Secretário; o Instituto de Cooperativismo e Associativismo (ICA) e o recém-criado Instituto de Assuntos Fundiários (IAF).

       Uma nova reforma interna (Portaria IEA no 4, de 31/05/89) modificou, no 2o semestre de 1989, a estrutura funcional do IEA, fundindo as divisões na denominada Divisão Técnico-Científica, constituída pelos centros técnicos de Gestão da Empresa Agrícola, Financiamento e Investimentos Públicos na Agricultura, Estatística da Produção, Estatísticas de Preços, Produtos Agrícolas, Insumos e Máquinas Agrícolas, Agroindústria, Trabalho Rural, Economia da Terra e Métodos Quantitativos e Informática. Além disso, compunham a estrutura as divisões de Difusão de Informações Técnico-Científicas e de Administração.

       Essas alterações tiveram como objetivo básico reduzir o número de seções, muitas das quais contavam com apenas um ou dois técnicos, para propiciar mais agilidade administrativa e principalmente criar condições para concentrar a massa crítica de análise sobre temas e assuntos de maior relevância e aplicação prática na agricultura e agroindústria.

       Em 1991, foram criadas as carreiras de Apoio à Pesquisa (Lei Complementar no 661, de 11/07/91) e de Assistente Técnico de Pesquisa Científica e Tecnológica (Lei Complementar no 662, de 11/07/91), com a extinção dos cargos anteriores e, através de concurso público, a realocação de todos os funcionários técnicos e administrativos.

       Nova mudança na estrutura do IEA aconteceu com a publicação da Portaria IEA no 1, de 08/10/1996. Desta vez, o IEA passou a contar com quatro assessorias técnicas e três divisões técnicas na área de pesquisa - Levantamentos e Análises Estatísticas, Comercialização (áreas de produção e comercialização) e Política e Desenvolvimento -, além de manter a Divisão de Apoio à Pesquisa.

Em 1998, o IEA deixa a CSE e passa a integrar o Conselho Superior de Pesquisa Agropecuária (CSPA), criado com a reforma da Secretaria de Agricultura e Abastecimento (SAA), por meio do Decreto no 43.037 (de 15/04/98), que ainda extinguiu a CPA. O CSPA foi formado pelos diretores técnicos de Departamento dos seis institutos de pesquisa e subordinado diretamente ao Secretário.
Esta reforma estabeleceu os contornos da estrutura interna dos institutos de pesquisa, cujos centros técnicos deveriam evoluir para uma ação integrada por cadeia de produção, tendo o CSPA como instância articuladora das ações.

       Novamente a estrutura do IEA é alterada, passando a ser formada por quatro centros técnicos de Pesquisa, mais os centros de Coordenação de Pesquisa, de Comunicação e Treinamento e Administrativo.

       No ano seguinte, o governo realizou nova mudança, constituída da reorganização do CSPA-SAA (Decreto no 44.226, de 02/09/1999) e da criação da Coordenadoria de Pesquisa dos Agronegócios (CPA), à qual passam a subordinar-se as seguintes unidades: Instituto Agronômico, Instituto Biológico, Instituto de Economia Agrícola, Instituto de Pesca, Instituto de Tecnologia de Alimentos e Instituto de Zootecnia.

       O Decreto no 44.885 (de10/05/2000) alterou a denominação da CPA para Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios (APTA), que foi posteriormente transformada em Instituição de Pesquisa da SAA pela Lei Complementar no 895 (de 18/05/2001).

       A mais recente reestruturação da Pesquisa na SAA foi definida pelo Decreto no 46.488 (de 08/01/2002), que cria os Pólos Regionais e os Centros Tecnológicos por Cadeia de Produção e confere ao IEA a atual estrutura, que possui dois centros técnicos de pesquisa (Centro de Pesquisa e Desenvolvimento de Estudos Econômicos dos Agronegócios e Centro de Pesquisa e Desenvolvimento de Informações Estatísticas dos Agronegócios ), além de Centro de Comunicação e Transferência do Conhecimento e Centro de Administração da Pesquisa e Desenvolvimento.